晴空萬里，傲翔九天 ─ Fly！【飛行娘養成計劃】: 緣起

公元3000年，地球。

人類的科技已經日益完善，過去不敢想像能夠成真而被大多數人視為天方夜譯的時空旅行技巧在這個時代已經成為市民日常生活的常態。

在惡夢的那一日，巨大的灰雲突襲繁忙的空中走廊，做成數以千計的死亡。國家安全運輸委員會作出緊急調查，推測這種「灰雲」是歷年空難亡魂聚集而成的怨靈，出於某種未知的原因和目的，聚集的亡靈在現在向過去奪去他們性命的飛機復仇。

死亡人數逐日攀升，空中交通幾近癱瘓。因各種應對方法失敗而陷入國家安全運輸委員會，採納某組科學家團隊的建議，成功開發出模擬過去失事航班的擬人化人工智能少女，藉由少女操控相關機體避開怨靈襲擊完美完成飛行從而令怨靈安息。在試驗機「基米尼滑翔機」和「東方航空401」成功令怨靈數量減少後，【Fly】計劃正式啟動。

愈來愈多飛機少女被生產和投入戰場，她們擁有不同的外貌和性格，感激她們的人們稱她們為【飛行娘】。